O GeoJSON é um formato moderno para GIS web e APIs, enquanto o Shapefile é o clássico padrão dos GIS de desktop. A escolha depende de onde você vai usar os dados.
| Critério | GeoJSON | Shapefile |
|---|---|---|
| Compatibilidade web | ✓ | ✗ |
| GIS de desktop | ✓ | ✓ |
| Arquivo único | ✓ | ✗ |
| Desempenho com big data | ✗ | ✓ |
| Legível por humanos | ✓ | ✗ |
Para aplicações web, APIs, Leaflet/Mapbox/OpenLayers, processamento em Python/JS.
Para ArcGIS, QGIS, sistemas governamentais, grandes conjuntos de dados, fluxos legados.