GeoJSON është një format modern për GIS web dhe API, ndërsa Shapefile është standardi klasik i GIS desktop. Zgjedhja varet nga vendi ku do t'i përdorni të dhënat.
| Kriteri | GeoJSON | Shapefile |
|---|---|---|
| Përputhshmëria me web | ✓ | ✗ |
| GIS desktop | ✓ | ✓ |
| Skedar i vetëm | ✓ | ✗ |
| Performanca me të dhëna të mëdha | ✗ | ✓ |
| I lexueshëm nga njeriu | ✓ | ✗ |
Për aplikacione web, API, Leaflet/Mapbox/OpenLayers, përpunim në Python/JS.
Për ArcGIS, QGIS, sisteme qeveritare, grupe të mëdha të dhënash, rrjedha pune të vjetra.