GeoJSON は汎用的な Web 地理データ形式、GPX は GPS トラックとルートに特化した形式です。GPX はよりシンプルですが、ナビゲーションに限定されます。
Web マップ、ポリゴン／線／ポイントの保存、API に。
GPS 機器、Strava／Komoot、ハイキングのトラックに。