GeoJSON は完全なジオメトリ（ポリゴン、線、ポイント）を格納し、CSV は座標を列に持つ表データのみを格納します。GeoJSON はより強力、CSV はより汎用的です。
Web マップ、ジオメトリの保存、Leaflet／Mapbox に。
ポイントデータ、Excel、データベースへの取り込みに。