DXF は CAD の交換形式（AutoCAD）、Shapefile はデスクトップ GIS の標準（ArcGIS、QGIS）です。どちらも地理データに対応しますが、出自の異なる形式です。
AutoCAD、マスタープラン、設計図面、測量に。
ArcGIS、QGIS、データ分析、行政 GIS システムに。