GeoJSON е съвременен формат за уеб GIS и API, докато Shapefile е класическият стандарт за настолни GIS. Изборът зависи от това къде ще използвате данните.
| Критерий | GeoJSON | Shapefile |
|---|---|---|
| Уеб съвместимост | ✓ | ✗ |
| Настолни GIS | ✓ | ✓ |
| Единичен файл | ✓ | ✗ |
| Производителност при големи данни | ✗ | ✓ |
| Четим от човек | ✓ | ✗ |
За уеб приложения, API, Leaflet/Mapbox/OpenLayers, обработка с Python/JS.
За ArcGIS, QGIS, държавни системи, големи набори от данни, наследени процеси.